• 刘东生

    中国科学院院士
    (名誉所长)
    任期:1999-2008

  • 安芷生

    中国科学院院士
    任期:1999-2002

  • 郭正堂

    中国科学院院士
    任期:2002-2006

  • 周卫健

    中国科学院院士
    (执行所长)
    任期:2006.7.7-2008.8.1
    2014.10.10-2016.12.5

  • 刘禹

    (执行所长)
    任期:2008.8.1-2010.7.30

  • 刘晓东

    (执行所长)
    任期:2010.7.30-2012.8.3

  • 曹军骥

    (执行所长)
    任期:2012.8.3-2014.10.10

  • 刘禹

    任期:2016.12.5-2022.4.29